Ochrona gatunkowa dotyczy najcenniejszych, unikatowych i rzadkich przedstawicieli flory i fauny.   W Polsce ochroną ścisłą objętych jest: 415 gatunków roślin, 232 gatunków grzybów oraz 592 gatunki zwierząt. 65 % gatunków dzikiej flory i fauny Polski to gatunki leśne.

       Ochrona gatunkowa jest w Polsce jedną z form ochrony przyrody. Ma ona na celu zapewnienie przetrwania i właściwego stanu ochrony dziko występujących roślin, grzybów, zwierząt oraz ich siedlisk, a także zachowanie różnorodności gatunkowej i genetycznej. Ochrona ta dotyczy gatunków rzadko występujących, endemicznych, zagrożonych wyginięciem oraz objętych ochroną na podstawie umów międzynarodowych.

      Aktualne listy gatunków chronionych, jak również obowiązujące zakazy w stosunku do tych gatunków, określają następujące rozporządzenia:

• Rozporządzenie Ministra Środowiska z dnia 16 grudnia 2016 r. w sprawie ochrony gatunkowej zwierząt,
• Rrozporządzenie Ministra Środowiska z dnia 9 października 2014 r. w sprawie ochrony gatunkowej roślin,
• Rozporządzenie Ministra Środowiska z dnia 9 października 2014 r. w sprawie ochrony gatunkowej grzybów.

     W zasięgu granic Nadleśnictwa „Śnieżka” zinwentaryzowano dotychczas 82 gatunki roślin rzadkich i chronionych. Spośród nich 15 objętych jest ochroną ścisłą, 51 ochroną częściową, pozostałe gatunki nie są chronione, ale posiadają kategorię gatunków zagrożonych w skali kraju lub regionu.

    Gatunki roślin szczególnie zagrożone w skali kraju: arnika górska, buławnik mieczolistny, gnidosz rozesłany, goryczka krzyżowa, gółka długoostrogowa typowa, jarząb brekinia, kruszczyk błotny, kukułka bzowa, kukułka szerokolistna, ponikło jajowate, rosiczka okrągłolistna, sitowie korzenioczepne, śledziennica naprzeciwlistna, śnieżyca wiosenna, turzyca ciborowata, widłak goździsty, widłak jałowcowaty, wielosił błękitny, wroniec widlasty, zanokcica północna, żebrowiec górski.

     Na terenie nadleśnictwa stwierdzono występowanie 252 gatunków cennych i rzadkich zwierząt. Spośród nich 183 objętych jest ochroną ścisłą, 46 ochroną częściową.

     Gatunki zwierząt szczególnie zagrożonych w skali kraju:

• ssaki - koszatka, mopek, mroczek posrebrzany, mroczek pozłocisty, nocek Bechsteina, nocek łydkowłosy, nocek orzęsiony, podkowiec mały, popielica, ryś, rzęsorek mniejszy, wilk,
• ptaki - bielik, cietrzew, czeczotka, derkacz, dzierlatka, jarząbek, kania czarna, kania ruda, kulik wielki, łęczak, orlik krzykliwy, płochacz halny, przepiórka, puchacz, rożeniec, rybitwa czubata, rybołów, sieweczka obrożna, słonka, sokół wędrowny, sóweczka, świstun, turkawka, włochatka;
• ryby - głowacz białopłetwy, lipień, minóg strumieniowy, piskorz;
• gady i płazy - gniewosz plamisty, kumak nizinny, traszka grzebieniasta;
• bezkręgowce - Deroceras praecox (ślimak), biegacz leśny, biegacz problematyczny, biegacz wypukły, czerwończyk fioletek, czerwończyk nieparek, krążałek ostrokrawędzisty, mieniak strużnik, mieniak tęczowiec, modraszek nausitous, modraszek telejus, pachnica dębowa, paź królowej, pokłonnik osinowiec, przeplatka aurinia, przeplatka maturna, przeźrotka wydłużona, rojnik morfeusz, szlaczkoń szafraniec.

     W zasięgu granic nadleśnictwa zinwentaryzowano dotychczas 23 gatunki grzybów rzadkich i chronionych. Spośród nich 4 objęte są ochroną ścisłą, 17 ochroną częściową.

Cenne gatunki grzybów na gruntach będących w zarządzie nadleśnictwa:

• gatunki częściowo chronione: płucnica islandzka (1 stanowisko), popielak pylasty (1 stanowisko), pustułka rurkowata (1 stanowisko),
• gatunki niechronione, ale zagrożone w skali kraju: siedzuń sosnowy (1 stanowisko).

     W celu ochrony ostoi i stanowisk roślin oraz grzybów objętych ochroną gatunkową lub ostoi, miejsc rozrodu i regularnego przebywania zwierząt objętych ochroną gatunkową mogą być ustalane strefy ochrony.

     W Nadleśnictwie „Śnieżka” zlokalizowana jest jedna strefa ochrony ostoi, miejsc rozrodu i regularnego przebywania cietrzewia Lyrurus tetrix (A409) powołana w dniu 12.08.2020 r. Decyzją Regionalnego Dyrektora Ochrony Środowiska we Wrocławiu (WPN.6442.12.2020.MK). Zgodnie z załącznikiem nr 4 do Rozporządzenia Ministra Środowiska z dnia 16 grudnia 2016 r. w sprawie ochrony gatunkowej zwierząt (Dz.U. z 2016 r. poz. 2183) ustala się dla cietrzewia Lyrurus tetrix strefę ochrony okresowej (obowiązuje od 1 lutego do 31 sierpnia), obejmującą zwarty obszar wykorzystywany przez ptaki jako miejsce tokowania lub rozrodu wraz z obszarem w promieniu do 500 m od tego miejsca oraz strefę ochrony okresowej (obowiązuje od 1 grudnia do 1 marca), obejmującą obszar, na którym ptaki przebywają w okresie zimowym, wraz z obszarem w promieniu do 200 m od niego. Strefy ochrony okresowej cietrzewia znajdują się w leśnictwach: Przesieka, Borowice, Karpacz, Jedlinki i Przełęcz.

     Poza strefami ochrony ostoi, miejsc rozrodu i regularnego przebywania cennych gatunków, zatwierdzonymi odpowiednimi aktami prawnymi, na terenie Nadleśnictwa „Śnieżka” wyznaczono strefy funkcjonalne. Takich obszarów wyznaczono siedem, po jednej dla bociana czarnego, puchacza i bielika oraz cztery dla cietrzewia, część z nich pokrywa się z granicami istniejących stref ochrony (Pałucki 2007). Aktualnie na gruntach w zarządzie nadleśnictwa funkcjonują tylko obszary funkcjonalne dla cietrzewia. Obszary dla bielika oraz puchacza obecnie znajdują się w granicach Karkonoskiego Parku Narodowego, a obszar bociana czarnego został zniesiony ze względu na zniszczenie gniazda (w leśnictwie Bukowa) przez huragan Cyryl w 2007 roku. Strefy funkcjonalne dla cietrzewia obejmują tokowiska, lęgowiska, żerowiska i zimowiska tego gatunku i są zlokalizowane w czterech rejonach nadleśnictwa. Lasy Państwowe podejmują własne inicjatywy ochronne. Pomagają wybranym gatunkom zwierząt i roślin zasiedlić miejsca, gdzie gatunki te wyginęły (tzw. reintrodukcje) lub gdzie są zagrożone wyginięciem (restytucje).

      Nadleśnictwo „Śnieżka” obecnie realizuje w tym zakresie:

• „Program restytucji jodły pospolitej w Sudetach”, którego celem jest zachowanie lokalnej populacji jodły pospolitej w Sudetach oraz równoległe wykorzystanie jej w pracach nad restytucją tego gatunku, 
• „Program ochrony i restytucji cisa pospolitego (Taxus baccata L.) na terenie Polski” zmierzający do odtworzenia tego rzadkiego gatunku w lasach,
• Projekt rozwojowy Lasów Państwowych pt.: „Czynna ochrona cietrzewia na gruntach w zarządzie Lasów Państwowych w Polsce”, którego głównym celem jest zachowanie cietrzewia jako gatunku występującego w awifaunie Polski.